有人认为韩非是死于李斯的嫉妒陷害，这种说法自从王充《论衡》中阐述“韩非之死，乃李斯忌才所致”后，已经成为史学界普遍的看法。司马迁《史记》中也有这样的记载。《老庄申韩列传》中记载到，韩非出身于韩国的贵族世家，师从荀子，与后任秦国宰相的李斯为同窗学友。适值韩国日渐衰落，韩非屡次上谏韩王变法图强，却不被韩王所用。于是韩非发愤著书十余万字，来阐发自己的法治主张。这些作品后来传到秦国被秦王赢政看到。臝政读后大为叹服，激动地说如果自己能够得到韩非这个人，则“死不恨矣”。当得知韩非是李斯同学时，便下令攻打韩国，索要韩非。韩王本就不想用韩非的主张，现在自己处在秦国的攻打下，毫不吝惜地将韩非献出，美名曰将韩非“派遣到秦国”。

韩非到了秦国后马上被秦王接见。据说韩非本人有点口吃，但是他深刻的思想，令秦王折服。秦王非常赏识韩非，大有相见恨晚之意。李斯看到这个情形，深知自己不如韩非，感觉自己的地位受到了严重的威胁。于是李斯对秦王说：“韩非是韩国公子，他能真心为大王您吗?现在大王想吞并诸侯，他终究会为韩国而不能为秦国，这是人之常情。不能为秦国效力，大王您现在又留着他其至送他回国，这是祸患的开始。不如找个过错用法律把他诛杀吧。”李斯这段话说得非常有技巧，句句充满对秦王和秦国的忠诚。一向对李斯很信任的秦王觉得李斯言之有理，便下令查办韩非，将韩非囚入监狱。李斯的目的初步达到，当然不能允许自己的计划落空。为了尽快铲除了韩非这个威胁，避免因秦王后悔而生出他事，他派人送去了毒药。韩非很想到秦王面前申诉，狱卒和李斯却不给他这个机会。可怜的韩非，昨日还是秦王座上客，今日就成了阶下囚，含冤而死。待到秦王后悔让人赦免韩非时，发现韩非已经死了。而李斯则说韩非是畏罪自杀，秦王半信半疑，但人已死了，也只有作罢

也有人为李斯伸冤，说李斯不可能杀韩非。原因有很多。若李斯是嫉贤妒能之人，他又何必把韩非的作品介绍给秦王?并且当时秦王不过是对韩非很赏识而已，还没有对韩非加以重用，作为当时绝对有权的李斯来说，韩非还不足以构成对自己的威胁吧。在这种情况下，李斯为什么要加害韩非呢?

与李斯“奸嫉贤良”版本相反的是，《战国策》中所记载的韩非之死则是说韩非自取灭亡。当时，楚国、吴国、燕国和代国四个国家打算联合起来抵抗秦国，秦国派姚贾出使四国。姚贾用重金贿略四国，瓦解破坏了四国计划。姚贾回国后受到秦王重赏。韩非就攻击姚贾拿国家的钱自己去交朋友，还指出姚贾出身的低贱。姚贾在秦王面前反驳说，以财宝来贿赂四国，出发点是为了秦国谋利，而不是为了自己的利益。如果是为了自己交朋友，何必又返回秦国呢?虽然自己的出身低贱，名声不好，但是有一颗效忠君主的心，哪里像有些人，只是在那里说却不做任何实际的事情，专门挑别人的毛病。秦王认为姚贾的话非常有道理，更加信任姚贾，而对“挑拨是非”的韩非则冷落起来，最后杀掉了韩非。这样看来，韩非遭到杀害，是因为他自巳嫉妒别人，是搬起石头砸了自己的脚。

后世人还认为，杀害韩非是秦王的主意，李斯就算是再受到秦王的宠幸，他也不敢自作主张杀死韩非。为什么说是秦王自己的主意呢?秦王赢政是一个寡恩多忌的人，尽管他爱惜贤才，欣赏韩非的理论，但是韩非出身于韩国贵族这一事实终究不能消除秦王对韩非的戒心，始终害怕韩非会暗中为韩国出力。并且，韩非来到秦国后，只是谈自己的君主集权主张，不谈统一天下(作为韩国公子的韩非也不可能谈)，因此，秦王并不重用他。但是，放回韩非，必定又要给韩国增添了一个抵抗秦国的好帮手。秦王怎么可能放他回去?相反，若是杀了韩非，不但他的学说可以为自己所用，而且也为秦国智产除了威胁，不是一新双雕吗?这样分析，秦王杀死韩非是必然的了。这还可以从《史记》中看出来，书中说秦王对韩非的死感到后悔，但是他可曾去追究李斯的擅自谋杀罪?可曾为死去的韩非正名?不过是简单的“后悔”而已。

还有人认为，是李斯等大臣杀死了韩非，但是这并不能说明韩非死亡的实质，韩非实际是死于秦国和韩国之间的政治斗争。战国时期，各个诸侯国都极力保全自己，尤其是竭力对抗秦国这个一心消灭它国统一天下的大敌。韩国派韩非出使秦国，买际上就是为了保全韩国。李斯和韩非两个人，

一个热爱韩国，一个忠心于秦国，两个人之间的矛盾是不可避免的。韩非必然要破坏李斯攻打韩国的计划，而李斯站在秦国要兼并六国的立场上，必然也要揭穿韩非出访秦国的目的。韩非与李斯、姚贾的矛盾冲突并不是如《战国策》中所说的是韩非个人的嫉贤妒能，也不是李斯本人与韩非有什么个人恩怨，而是秦国与韩国政治斗争的反映。所以说，韩非的死是当时秦与韩尖锐的矛盾斗争的反映。

关于韩非的死因究竟如何，韩非究竟是死于谁手，至今也没有更确凿的证据证明。一代大思想家死因未明是个历史的遗憾，但是想到韩非的理论终为后世所用且影响至今，韩非本人也算是重于泰山了。